针对涉及违法行为的转包工程，应对其采取以下措施进行处理：

首先，明确要求违法转包单位立即停止违规行为，同时依法没收其所获违法收益并予以相应罚款介入；

根据情况严重程度，可进一步宣布对违法转包单位采取停业整顿措施，甚至影响其单位资质等级的评定；

其次，若违法转包行为情节特别严重，则有可能被吊销相关资质证书；

最后，对于由于转包工程未能达到规定质量标准而导致的损失，承包单位应当与接受转包的单位共同承担连带赔偿责任。

《中华人民共和国建筑法》第六十七条

承包单位将承包的工程转包的，或者违反本法规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；

情节严重的，吊销资质证书。

承包单位有前款规定的违法行为的，对因转包工程或者违法分包的工程不符合规定的质量标准造成的损失，与接受转包或者分包的单位承担连带赔偿责任。