根据规定,对从事国际货运代理业务的纳税人，其在开具发票时，必须按照运费及其他收费项目分别逐项列明开具，对在发票上列明的运费收费项目，计缴营业税时按照其与境外运输公司等运输单位结算的合法有效凭证予以扣除，按照扣除后的余额依“服务业”税目中的“代理业”项目缴纳营业税；对没有在发票上列明运费收费项目的，全额按照“服务业”税目中的“代理业”项目缴纳营业税。此外，根据国际货运代理业务的特殊性，对国际货运代理企业将其承接的货运代理业务转让给另一家国际货运代理公司的，可就其向委托方收取的全部价款和价外费用扣除其将该货运代理业务转让给其他货代公司而取得的《国际货物运输代理业专用发票》上列明的运费项目后的余额，按“服务业”税目中的“代理业”项目缴纳营业税。根据财政部、国家税务总局《关于营业税若干政策问题的通知》【财税[2003]16号】的规定，涉及营业额减除项目的凭证，应是税务发票、财政部门收据或其它合法有效凭证。对支付给境外的减除项目付款凭证，应以外汇付汇凭证为主，外方公司的签收单据或出具的公证证明作为外汇付汇凭证的辅助补充资料。从营业额中减除部分金额计算纳税金额的纳税人应当在其成本、费用账簿中单独核算“营业额减除项目”金额，并在营业收入完税时按规定结转“营业额减除项目”金额。