根据《中华人民共和国传染病防治法》第四十三条规定:甲类、乙类传染病暴发、流行时,县级以上地方人民政府报经上一级人民政府决定,可以宣布本行政区域部分或者全部为疫区。县级以上地方人民政府可以在疫区内采取限制或者停止集市、影剧院演出或者其他人群聚集的活动、封闭可能造成传染病扩散的场所等五项紧急措施,并可以对出入疫区的人员、物资和交通工具实施卫生检疫。由此可见,突发传染病公共卫生应急事件的交通管制的方案应由县级以上人民政府制定。