股东会协议是用来规定如何组建公司的合同，只约束各个股东。而公司章程是用来约束公司股东、高管、员工等人的管理性质的法律文件，也称“公司宪法”，是公司一切规章制度的总根源。有限责任公司修改公司章程，须经代表三分之二以上表决权的股东通过。

《中华人民共和国民法典》第四百六十四条【合同的定义和身份关系协议的法律适用】合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。

婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。