员工保密协议的注意事项如下：

一、在签订保密协议时，双方可以在劳动合同中约定保密条款，也可以订立专门的保密协议。但无论采用哪种方式，都应采用法定的书面形式，使条款清晰明了，语言没有歧义。

二、保密协议内容

（1）明确保密信息范围。用人单位在约定保密内容时，必须明确需要保密的对象、范围、内容和期限。最好通过列举的方式列出所有需要保密的内容，否则很容易因约定不明确而引发诉讼纠纷。不同企业和同一企业的不同时期，保密范围和内容也发生了变化，用人单位应及时修改保密协议。

（二）明确保密主体商业秘密的保密主体一般仅限于涉密岗位的劳动者。对于保密岗位和技术岗位，要求其不得披露、赠与、转让、销毁或协助第三人侵犯公司商业秘密。除上述保密岗位外，不必承担保密义务的劳动者在工作中有意或无意了解公司秘密时，还应纳入保密主体范围，承担保密责任。另外，掌握商业秘密的劳动者家属、朋友，对保守商业秘密也应承担同等义务。

（三）约定保密期限的保密协议应当明确约定保密期限。虽然法律规定劳动者保守秘密的义务不因劳动合同终止而免除，但由于商业秘密过期、公开或淘汰，最好约定保密义务的起止时间，以免引起不必要的纠纷。

（四）明确双方的权利和义务。在保密协议中，应当明确规定如何使用商业秘密，涉及商业秘密的职务成果的归属，以及保存和销毁涉密文件的方式。有特殊条款的，也应当以列举的方式约定。另外，根据《劳动合同法》的规定，保密协议中不得直接设定违约金，如果约定违约金存在被视为无效的风险。但这并不意味着违约责任不能在保密协议中约定，违反保密义务的赔偿内容和计算赔偿金额的方式可以在保密协议中约定。