申请新三板上市流程主要包括：

1、拟上市的有限公司进行股份制改革，整体变更为股份公司。

新三板上市流程申请在新三板挂牌的主体须为非上市股份有限公司，故尚处于有限公司阶段的拟挂牌公司首先需要启动股改程序，由有限公司以股改基准日经审计的净资産值整体折股变更为股份公司。

2、主办券商对拟上市股份公司进行尽职调查，编制推荐挂牌备案文件，并承担推荐责任。

主办券商推荐非上市公司股份挂牌新三板时，应勤勉尽责地进行尽职调查，认真编制推荐挂牌备案文件，并承担推荐责任。主办券商进行尽职调查时，应针对每家拟推荐的股份公司设立专门项目小组。项目小组应与会计师事务所、律师事务所等中介机构协调配合，完成相应的审计和法律调查工作后，根据《主办券商尽职调查工作指引》，对拟新三板上市公司歷史上存在的诸如出资瑕疵、关联交易、同业竞争等重大问题提出解决方案，制作备案文件等申报材料。

3、主办券商应设立内核机构，负责备案文件的审核。

主办券商不仅应设立专门的项目小组，负责尽职调查，还应设立内核机构，负责备案文件的审核，发表审核意见。主办券商根据内核意见，决定是否向协会推荐该公司新三板上市。决定推荐的，应出具推荐报告(包括尽职调查情况、内核意见、推荐意见和提醒投资者注意事项等内容)，并向协会报送备案文件。

4、通过内核后，主办券商将备案文件上报至中国证券业协会审核。

中国证券业协会负责审查主办券商报送的备案文件并做出是否备案的决定。证券业协会决定受理的，向其出具受理通知书并对备案文件进行审查，若有异议，则可以向主办券商提出书面或口头的反馈意见，由主办券商答復;若无异议，则向主办券商出具备案确认函。