一、能否仅凭房屋买卖协议进行确权

可以仅凭房屋买卖协议确定房屋的债权，但要想确定房屋的物权,还要结合不动产登记簿来加以认定。

《民法典》第二百零九条【不动产物权登记的效力】不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。

依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。

第五百九十五条【买卖合同定义】买卖合同是出卖人转移标的物的所有权于买受人，买受人支付价款的合同。

二、房屋买卖协议没有约定违约金的怎么办

房屋买卖协议没有约定违约金的可以依照相关解释确定。

《商品房买卖合同司法解释》第十七条，商品房买卖合同没有约定违约金数额或者损失赔偿额计算方法，违约金数额或者损失赔偿额可以参照以下标准确定：

逾期付款的，按照未付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。

逾期交付使用房屋的，按照逾期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者有资格的房地产评估机构评定的同地段同类房屋租金标准确定。