1.依案卷审查。在西方某些国家，法院对行政行为的司法审查从行政案卷入手，被诉行政行为的合法性只能由行政案卷已经记载的证据来支持;法院在审查被诉行为的合法性时，不接纳行政机关在行政程序中没有调查收集或者原告在行政程序中没有提出的证据。这一规则被称为“行政案卷排除规则”。从《行政诉讼法》第43条及《若干解释》第26条的规定来看，我国也吸取了“案卷排除规则”的合理内涵。人民法院对被告提供的证据的审查，主要限于对被告在提交答辩状时一并提出的事实材料的审查，即对被告在行政程序中已经收集到的证据进行审查。

2.在庭审过程中审查。《行政诉讼法》第31条的规定，表明人民法院对证据的审查应当在庭审过程中进行。《若干解释》第31条第1款规定“未经法庭质证的证据不能作为人民法院裁判的根据”，进一步说明人民法院对证据的审查应建立在质证的基础之上。质证是指在庭审过程中，当事人对法庭上所出示的证据进行对质、核实的活动。质证不仅是有关诉讼主体受法律保护的诉讼权利，更是诉讼正当程序的重要标志之一。通过当事人双方对证据的相互质疑而进行证据遴选，达到“去粗取精，去伪存真”的目的，客观上也能起到防止法官在证据取舍问题上的恣意。因此，当事人双方的质证是法院进行证据审查的基础，也是进一步认定证据效力的必要前提。

3.全面、客观地审查。我国《民事诉讼法》第64条规定：“人民法院应当按照法定程序全面地、客观地审查核实证据。”这一规定完全适用于行政诉讼。首先，人民法院应当将当事人双方提供的所有证据全部纳入审查范围，不因其种类和来源而厚此薄彼。其次，人民法院应当站在完全客观的立场上对证据进行审查，避免先入为主或主观臆断。