一、53号文第一条规定的股东股权变更登记的程序为，企业因股权结构变化向工商行政管理部门申请办理股东股权变更手续，涉及个人所得税征收范围的，先由企业管理机关开具《股东股权变更纳税情况联系单》(以下简称联系单)到企业主管地税机关办理涉税事项。企业主管地税机关按规定办理征税(或不征税)手续，涉及征税的开具税收完税凭证，并在联系单上签署意见并加盖公章，企业持联系单到企业登记机关办理变更登记。这一规定把取得税务部门签署意见并加盖公章的联系单作为办理股东股权变更的前置条件。中华人民共和国公司法和公司登记管理条例均没有规定办理股东股权变更登记必须取得税务部门签署意见并加盖公章的联系单。按照行政许可法的规定，地方性法规和省、自治区、直辖市人民政府规章不得设定企业或其他组织的设立登记及其前置性行政许可，除法律可以设定行政许可，尚未制定法律的，行政法规可以设定行政设定许可外，其他规范性文件一律不得设定行政许可。因此53号文规定的股东股权变更登记程序有违行政许可法之嫌。

二、53号文第三条规定，夫妻之间或直系亲属之间的非股权转让的股权变更、企业从有限公司变更为集团公司、控股集团、出资人和出资比例未发生变化，企业注册资本变动，出资人、出资比例均未发生变化，房产、土地所有人也未发生变化的，企业登记机关可直接按有关规定办理股权变更登记手续。按这一规定除上述三种情况外，其他的均应到税务部门办理手续，取得税务部门签署意见并加盖公章的联系单后，方可办理股权变更登记手续。这与53号第一条的规定有冲突之处，53号文第一条规定是企业申请办理股东股权变更手续，涉及个人所得税征收范围的，要凭税务部门签署意见并加盖公章的联系单方可办理股权变更登记，而这第三条的规定又扩充了要取得联系单的范围，比如，A公司由甲、乙两法人股东出资组成，现甲法人股东将自己在A公司拥有的股份转让给丁法人股东，吸收丁作为新股东后，公司的股权结构发生了变化。再比如，A公司注册资本100万元，由甲、乙两个自然人各出资50万元组建，在经营一年后，因扩大再生产需要，甲、乙双方商定吸收丁作为新股东，注册资本增加到150万元，丁出资60万元，其中50万元作为注册资本、其余10万元作为资本溢价列入公司资本公积。按照个人所得税法的规定，这二种情况均不涉及个人所得税征收范围，按53号文第一条规定无需到税务部门办理手续，但按第三条规定，则需要取得税务部门签署意见并加盖公章的联系单。