《中华人民共和国个人所得税法》第二条规定，个人利息、股息、红利所得应缴纳个人所得税。根据该条规定，公司的自然人股东将自己持有的公司股权转让给其他人时，需依法就其转让所得缴纳个人所得税。

2009年5月25日，国家税务总局颁布《关于加强股权转让所得税征收个人所得税管理的通知》强调：要求股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税(扣缴)申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。

我们首先来看一案例。2002年3月，王某计划投资50万元设立一新公司，由于旧公司法颁布之前不允许设立一人有限公司，因此王某与其亲戚赵某签订了隐名投资协议，由赵某持股5万元，占投资额的10%。2007年4月，公司的净资产发展为4000多万元。这时，王某决定将公司上市，公司上市的条件中很重要的一点就是要求产权明确。这使恰逢新公司法允许设立一人有限公司，王某就上市事宜请一位咨询管理公司进行筹划。该咨询管理公司建议王某首先解决公司长期存在的挂名股东事宜，至于该事项的解决途径，该咨询管理公司采用了一通常方式，由赵某与王某签订股权转让合同，赵某将自己拥有的10%股权转让给王某，转让价格为原出资额，即5万元。这一方式的确很好的解决了股权不清事宜，为公司上市扫除了隐患，但王某为此付出的代价却是巨大的。这其中关键就是涉及到股权转让收益个人所得税问题。个人在转让股权时需按照转让的收益缴纳一定的所得税。通常情况下，个人应交所得税的计算如下：财产转让个人应纳税所得额=转让财产的收入额—财产原值—合理费用，适用的税率为20%，即股权转让应交所得税=(股权转让收入-本金(原值)-合理费用)×20%

按照这一公式，表面上看，此次股权转让投资收益为零，没有纳税义务。

可能有人会认为该方案是可行的。既然王某与赵某都不否认双方的代持股关系，双方何尝不尽量降低股权转让款，这样不就有效地减少了应纳税额了吗?没错，商事交易讲究的是主体意思自由，交易双方完全有权决定不违反法律规定的合同条款。这个方案看起来是解决了减少应纳税额的问题，但是“螳螂捕蝉，黄雀在后“，这个看似可行的方案背后其实埋伏着很大的隐患。

《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定“纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：……(六)纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的……”尤其是《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》(国税函[2009]285号)再次强调，“税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。”根据这一规定，税务机关有权核定股权转让过程中应纳税额，并要求申报人补缴应纳税额与已纳税额之间的差额。即，如果股权转让价款明显低于市场价格，税务机关有权根据净资产的实际情况调整申报人的应纳税额。