依据国有土地上房屋征收与补偿条例的规定，停产停业损失是不是一次性付清由双方签订的拆迁补偿协议确定，一般情况下是一次性付清的。相关法律规定《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十二条因征收房屋造成搬迁的，房屋征收部门应当向被征收人支付搬迁费；选择房屋产权调换的，产权调换房屋交付前，房屋征收部门应当向被征收人支付临时安置费或者提供周转用房。第二十三条对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。

停产停业损失补偿的范围

（1）设备、仪器、生产成品、半成品或商品的搬迁运输费用；

（2）设备、仪器、搬迁过程中发生损坏的费用及重新安装调试的费用；

（3）生产成品、半成品或商品搬迁过程中发生损坏的费用；

（4）停产停业期间职工（包括离、退人员）工资、福利费、各种保险等社会基金；

（5）企业因征收倒闭、解散后职员的安置费用、经济补偿金；

（6）为特定经营环境而设的装饰物的报废损坏的费用；

（7）生产、经营证照的重新办理或变更的费用；

（8）因解除房屋租赁关系而发生的房租损失及违约赔偿金或安置房屋承租人的费用。

上述经济损失和费用不一定同时发生，因此在具体的补偿个例中，应当依据其具体损失项目、损失情况予以确定补偿范围。

法律依据：

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第十七条作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：

（一）被征收房屋价值的补偿；

（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；

（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。

市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。

第二十三条对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。

《关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》

四、完善相关政策措施，妥善解决遗留问题

各地要本着实事求是的原则，采取积极有效的措施，切实解决城市房屋拆迁中久拖不决的遗留问题。对拆迁范围内产权性质为住宅，但已依法取得营业执照经营性用房的补偿，各地可根据其经营情况、经营年限及纳税等实际情况给予适当补偿。对拆迁范围内由于历史原因造成的手续不全房屋，应依据现行有关法律法规补办手续。对政策不明确但确属合理要求的，要抓紧制订相应的政策，限期处理解决；一时难以解决的，要耐心细致地做好解释工作，并积极创造条件，争取早日解决。对因房地产开发企业没有能力完成建设项目导致拆迁补偿资金不落实、安置用房不到位的问题，地方政府要采取有效措施，督促开发企业抓紧落实；或先行解决拆迁补偿安置问题，再根据法律法规和拆迁合同约定，追究开发企业的责任。