建设工程合同纠纷案件的证据有：

1、书证：是指以文字、符号、图形等所记载的内容或表达的思想来证明案件事实的证据。

2、物证：在建设工程合同纠纷的案件中，主要表现为建设工程合同的标的物—已施工完成的建筑物、构筑物、工地施工的机械设备等。比如在对工程量的争议纠纷中，已完成的形象工程即为物证。

3、视听资料：在建设工程合同纠纷的案件中，视听资料的主要表现为发包方与承包方之间有关工程方面的往来电话录音、往来电子邮件、对施工现场的录影录像资料等。

4、证人证言：在建设工程合同纠纷中，证人证言主要是知晓建设工程合同的订立、履行等事实的人员，所作的陈述。比如，工程监理人员对于施工方延误工期事实的陈述。

5、当事人陈述：就建设工程承包合同纠纷而言，即为发包方、承包方在法庭上对争议案件事实及反驳事实的陈诉。

6、鉴定结论：在建设工程承包合同纠纷中，主要表现形式有：工程质量鉴定结论、工程款的决算结论等。

7、勘验笔录：在建设工程合同纠纷中，主要表现为应承包方或发包方的申请，法院的审判人员对施工现场的工程量、工程形象进度、停工、窝工、施工场地不具备施工条件等事实，进行证据保全而成的证据材料。