合作社一般不可以占用耕地建房。非法占用或使用耕地，使耕地种植条件恶化、土质退化、水土流失、耕地质量遭到破坏且不易恢复的责令限期改正或者治理，可以并处罚款，构成犯罪的处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

《中华人民共和国土地管理法》第三十七条

非农业建设必须节约使用土地，可以利用荒地的，不得占用耕地；可以利用劣地的，不得占用好地。

禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。

禁止占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼。