一、当事人向法院起诉请求确认其股东资格由谁作为被告

1、当事人向人民法院起诉请求确认其股东资格的，应当以公司为被告，与案件争议股权有利害关系的人作为第三人参加诉讼。

2、法律依据：《关于适用若干问题的规定(三)》第二十一条

二、股东资格是如何认定的

1、当实质性证据与形式化证据发生冲突时，应优先适用形式化证据来认定股东的资格。实质性证据不具有形式化证据的特征和证明功能，只是证明某个主体有出资行为，而实际出资并不当然取得股东资格，故只有在特定情形下才作为认定股东资格的证据。如实际出资者与在公司章程或股东名册上记载的股东不一致就股东资格发生争议时，应坚持以公司章程或股东名册记载为准确认股东资格。

2、在对内关系，即股东资格的争议发生于公司与股东、股东与股东或股份出让人与受让人之间，也就是不存在第三人时，工商登记只具有对外公示的功能和证权的效力，应当以股东名册和公司章程记载为认定股东资格的依据;如果公司章程记载与股东名册记载的内容发生冲突，原则上应坚持公司章程优先适用的原则处理，因为公司章程为社团的自治性宪章，而股东名册只是经公司章程确认的股东资格的一种记载，是由公司章程派生而来的。

3、在对外关系上，工商登记是对抗第三人最主要的证据。公司设立时，全体股东须共同签署公司章程并经工商登记，在设立登记中记载有股东名称或姓名的人可以对抗公司、其他股东和第三人而主张其具有股东资格。同样，善意第三人完全可以仅以工商登记来认定出资人或受让人的股东资格，而不考虑其他形式条件或实质条件。这主要是为了保护善意第三人，从而保护交易的安全。