独资企业是需要缴纳个人所得税的。独资企业取得特许权使用费所得、经营所得、利息、股息、红利所得和财产租赁所得等收入的，在每一纳税年度内需要及时申报个税，缴纳相应的税款。

一、发工资个人所得税怎么扣

发工资个人所得税扣除视以下情况而定：

1、工资不满5000的，不征收个人所得税；

2、工资范围在5000-8000元之间的，包含8000元适用个人所得税税率为3%；

3、工资范围在8000-17000元之间的，包含17000元适用个人所得税税率为10%；

4、工资范围在17000-30000元之间的，包括30000元及以上的适用个人所得税税率为20%。

应纳税所得额的计算方式具体如下：

1、居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额；

2、非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额；

3、经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额；

4、财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元。四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额；

5、财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额；

6、利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。

二、自然人扣缴系统没到起征点显示应补退税额是什么情况

应缴税费和实缴税费应该是是一致的，如果不一致，就说明有漏税或交多了。补退税一般都是0，只有上述漏税或交多的情形，在日后的申报期内才有可能有金额。

居民个人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年6月30日前，向主管税务机关缴纳税款。个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人、承包承租经营者个人以及其他从事生产、经营活动的个人取得经营所得的，应当办理预缴申报和汇算清缴。