《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

一、投机倒把违法违章案件违法所得计算方法

在生产经营中，违反国家法律、法规、规章，构成投机倒把违法违章行为的，其非法所得的计算方法是：凡有进销价（包括批发价、零售价）的，以销价与进价之差作为非法所得；属于生产加工的，以生产加工的产品的销价与成本价之差作为非法所得。（直接费用是指正当的运输费、保管费、差旅费等三种直接用于生产经营活动的费用）．

（为投机倒把活动提供运输工具收取的运输费是否属非法所得：当事人为投机倒把活动提供运输等其他方便条件，构成《投机倒把行政处罚暂行条例》第三条第一款第（八）项规定之行为的，其从中获取的经济利益包括运输费，应视为非法所得；如果当事人只是在从事正常的运输业务中上当受骗，未构成投机倒把的，其所收取的运输费，不应视为非法所得）。

成本价，即生产加工产品的原材料购进价格，不含生产加工过程中的其它费用。

为投机倒把违法违章活动提供货源、支票、现金、银行帐户等其它方便条件，或者代出证明，代开发票，代订合同以及虽未直接参与违法经营活动，但在违法活动中采用各种手段，牟取非法利益的，以全部非法收入作为非法所得。

在计算非法所得时，如有商品已经售出，货款尚未收到的情况，也应包括在内。

总结为以下公式

生产的：销价—成本价格（指原材料购进价格）—已交税金。

经销的：销价—进价—已交税金。

为投机倒把提供货源等方便条件的以全部非法收入作为违法所得。

倒卖票证的违法所得等于全部销售款。

商品已售出，货款未到应计算违法所得。

无照经营、超范围经营非法所得计算方法：

无照经营的案件违法所得计算方法按投机倒把案件方法计算违法所得。

没有任何正式票据的按其全部收入为违法所得。

对个人无照经营案件难以确定的按违法行为人口述或提供的书面清单做为确定违法所得的依据。

对未经工商行政管理机关登记生产假冒伪劣商品的不扣除生产加工成本。

对经核准登记但经营方式中无生产加工方式擅自加工假冒伪劣商品，不扣除生产加工成本。

关于商标侵权案件中非法经营额计算问题

在商标侵权案件中，侵权人所经营的全部侵权商品（已销售的及库存的）均应计算非法经营额。对于生产、加工商标侵权商品的其非法经营额为其侵权商品的销售收入与库存侵权商品的实际成本之和；对于侵权人的原因导致实际成本难以确认的，视其库存商品的数量与该商品的销售单价之乘积为实际成本；没有销售单价的，视其库存商品的数量与被侵权人的同种商品的销售单价的乘积，为库存商品的实际成本。对于经销商标侵权商品的，其非法经营额为其所经销的侵权商品的销售收入与库存侵权商品的购买金额之和；购买金额难以确认的，以其库存商品的数量与被侵权人的同种商品的销售单价的乘积为库存商品的购买金额；对于侵权商品的成本或购买金额高于销售收入的，其非法经营额则为该商品的成本或购买金额。

二、申请没收违法所得的流程

公安的没收行为非法，但是查封、扣押、冻结涉案财产合法。

依据我国《刑事诉讼法》第280条规定，依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，检察院可以向法院提出没收违法所得的申请。

公安机关认为应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，应当写出没收违法所得意见书，移送检察院，再由检察院向法院申请没收违法所得，最后是否没收由法院决定。

但是，对于查封、扣押、冻结一事，公安机关、检察院、法院3家都有权力做，而且公安机关和检察院进行查封，扣押或者冻结的，不需要得到法院的准许。依据《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第38条的规定，现有证据证明存在违法所得及其他涉案财产应当予以没收的，公安机关、检察院可以进行调查。公安机关、检察院进行调查，可以依法进行查封、扣押、查询、冻结。