随着法治行政和人权保障理念乃至民主主义原理的不断发展，作为现代行政法的特殊性质，公共利益优先论受到了来自各个方面的质疑。日本学者南*方等即认为，“即使以案件的公益性为理由而限制和解，但由于行政案件的公益性具有不同的程度，故不能一概否定、取消诉讼上的和解。”在行政诉讼和解中，法院可以通过衡量多方面的利益，达到公共利益与个体利益的统一。法院既是原告与被告和解的主持者，又是对某一具体案件是否进行和解的决定者。法院有权根据具体案件中的权利义务作出是否和解的决定。

“本项案件审查的目的，在于控制行政诉讼上和解，除符合当事人之利益外，对于公益亦应有所裨益，或至少不造成损害。和解契约之内容，如因违反公序良俗，或违反法律强制或禁止规定等”,法院可以作出不予和解的决定。公共利益与私人利益并非决然对立，“公益在现代国家，系以维持和平之社会秩序，保障个人利益、财产、自由及权利等项内容”，“保障私益亦是维护公共之一部分”，不能不加区分的一概以公共利益由反对行政诉讼和解。