《条例》第五条规定：行政机关公务员违法违纪涉嫌犯罪的，应当移送司法机关依法追究刑事责任。这里所谓的案件移送制度，是指处分决定机关在调查处理政纪案件过程中，将涉嫌犯罪的违法违纪案件，移送司法机关依法追究刑事责任的制度。案件移送制度建立的基本依据是行政机关与司法机关的职能分工。

根据《刑事诉讼法》的规定，一般刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责;检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责;审判由人民法院负责。国家安全机关办理危害国家安全的刑事案件，行使与公安机关相同的职权;军队保卫部门、监狱办理刑事案件，适用刑事诉讼法的有关规定。除此而外，任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。因此，处分决定机关在调查处理行政机关公务员的违法违纪案件中，发现行政机关公务员违法违纪涉嫌犯罪的，必须移送司法机关依法处理。

涉嫌犯罪，是指处分决定机关在查办政纪案件过程中，根据所掌握的违法违纪事实、证据以及刑法的有关规定，初步判定违法违纪涉嫌犯罪。对涉嫌犯罪的，处分决定机关应当进行移送，至于是否属于犯罪，则要由司法机关来最后判决。需要注意的是：①应当移送，即必须移送，对于应当移送司法机关而不移送，造成犯罪嫌疑人逃脱刑事制裁的，应当根据刑法和本条例的有关规定追究有关人员的刑事责任和行政纪律责任。②根据先刑事、后行政的原则，处分决定机关一般应当在法院判决后再给予处分，这样能够保证司法判决与处分决定的一致。但是，处分决定机关对违法违纪事实清楚、证据确凿的，也可以先行给予处分。