立案阶段就撤销案件；如果案件已经移送到检察院审查起诉就不起诉。

《中华人民共和国刑事诉讼法》

第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

（二）犯罪已过追诉时效期限的；

（三）经特赦令免除刑罚的；

（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。

一、法律上立案侦查阶段什么意思

立案侦查是指公安机关接到公民报案、控告、举报及违反治安管理行为人或者触犯《刑法》的犯罪嫌疑人主动投案，以及其他行政主管部门、司法机关移送的案件，受理后经领导批准，立为刑事或治安案件查处的行为。

司法机关对于控告、检举或者自首的材料，应按管辖范围进行审查。对于不属于自己管辖的，应移送主管机关处理，并通知控告人、检举人；对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应先采取紧急措施，然后移送主管机关。如符合立案条件的，应当立案。立案后，一般案件由公安机关、人民检察院开始侦查；自诉案件由人民法院直接审理；如没有犯罪事实，或者依法不应追究刑事责任的，则不予立案。

二、可以起诉已经去世的犯罪嫌疑人吗

已经去世的犯罪嫌疑人，是不能再对其提起公诉的。按照《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定：犯罪嫌疑人、被告人死亡的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。

从这一条规定就可以得出，犯罪嫌疑人死亡时，如果案件还在公安机关的手里，那么应当撤销案件；如果案件进入到检察院阶段，检察院应当作出不起诉的决定。也就是说，已经去世的犯罪嫌疑人，不能再对其进行起诉了。