已开具但未经认证的发票丢失的处理方法如下：

1、丢失发票联的处理，使用专用发票抵扣联到主管税务机关正常认证，将专用发票抵扣联作为记账凭证，并保留专用发票抵扣联复印件备查；

2、丢失扣除联的处理，专用发票发票可以用来联系主管税务机关进行认证，专用发票发票可以作为记账凭证，专用发票发票复印件保存备查。

根据《中华人民共和国票据法》规定，发票认证是指税务机关对增值税一般纳税人取得的防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣联和运输发票抵扣联，利用扫描仪自行采集其密文和明文图像，运用识别技术将图像转换成电子数据，然后对发票密文进行解密，并与发票明文逐一核对，以判别其真伪的过程。

一、税务局代开增值税专用发票怎么填

根据我国法律规定。要求如下：

1、代开专用发票是指主管税务机关为所辖范围内的增值税纳税人代开专用发票，其他单位和个人不得代开。

2、主管税务机关应设立代开专用发票岗位和税款征收岗位，并分别确定专人负责代开专用发票和税款征收工作。

3、代开专用发票统一使用增值税防伪税控代开票系统开具。非防伪税控代开票系统开具的代开专用发票不得作为增值税进项税额抵扣凭证。

4、本办法所称增值税纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者）以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。

二、普票和增值税专用发票的区别是什么？

增值税专票和普票的区别是：1、抵扣不同。它们两者之间最大的区别是：增值税的专用发票可以抵消进项税，而普通的发票是不可以抵消进项税的。后面联次、内容的区别都是基于此产生的；2、联次不同。增值税的专用发票有四联，包括的有存根联、发票联、抵扣联、记账联。但普通的发票不能抵扣，所以没有抵扣联，只有存根联、发票联、记账联；3、使用的主体不同。专用发票一般是增值税一般纳税人使用的，一般情况下，不包括小规模纳税人，小规模纳税人只能经税务机关批准后由当地税务机关代开；普通发票是未办理税务登记的纳税人也可直接向税务机关申请领购使用；4、发票的内容不同。专用发票除了包括普通发票所具备的内容外，还包括了增值税方面的内容。