发现非法宗教活动的处理方式如下：1、由宗教事务部门责令停止活动；2、依照《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，由公安机关给予治安处罚；3、刑事处罚，举行集会、游行、示威，未依照法律规定申请或者申请未获许可的，或者未按照主管机关许可的起止时间、地点、路线进行，又拒不服从解散命令，严重破坏社会秩序的，对集会、游行、示威的负责人和直接负责人，处5年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利；4、由宗教事务部门没收违法所得；5、由宗教事务部门处以违法所得1到3倍的罚款。

非法宗教活动处罚标准

非法进行宗教活动可能涉嫌邪教组织罪。犯本罪的，要是犯罪情节较轻，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金。一般情形下，会被判处三年以上七年以下有期徒刑还要处罚金。如果是犯罪情节特别严重的话，犯罪分子会被判处七年以上有期徒刑或者无期徒刑。

《中华人民共和国刑法》第二百九十六条举行集会、游行、示威，未依照法律规定申请或者申请未获许可，或者未按照主管机关许可的起止时间、地点、路线进行，又拒不服从解散命令，严重破坏社会秩序的，对集会、游行、示威的负责人和直接责任人员，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。