检察院不起诉的是不会有案底的。案底是犯罪记录，如果人民法院依法审判，判处有罪的，才会有案底，检察院不起诉是不会有案底的。如果当事人有犯罪行为，但是由于法定的情形，不需要追究其刑事责任的，检察院可以作出不予起诉的决定。

一、检察院决定不起诉流程

（一）审查。经过审查起诉，认为需要作不起诉处理的，承办案件的检察官应当写出审查报告，经部门负责人审核，报主管检察长决定或由主管检察长提交检察委员会讨论决定。（二）决定不起诉。不起诉的决定权由检察长和检察委员会行使。（三）宣布和送达。人民检察院应公开宣布不起诉决定，并将不起诉决定书分别送达被不起诉人及其所在单位、被害人或者其近亲属以及被害人的诉讼代理人。送达时，应当告知被害人或者其近亲属、诉讼代理人，如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向上一级人民检察院申诉，也可以不经申诉直接向人民法院起诉。对于依照刑事诉讼法第一百七十七条条第二款规定而被不起诉的人，应当告知其如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向人民检察院申诉。（四）不起诉的善后工作。不起诉决定宣告及送达后，应及时解除强制措施，解除扣押、冻结，对需要给予被不起诉人行政处罚、行政处分或没收其违法所得的提出检察意见并移送有关主管机关处理等。（五）报请批准。根据2005年9月最高人民检察院检察委员会第十届第三十九次会议通过的《关于省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作撤销案件、不起诉决定报上一级人民检察院批准的规定（试行）》，省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作不起诉决定的要报上一级人民检察院批准。

二、不服检察院不起诉的决定如何处理

（1）不起诉决定书应当送达被害人或者其近亲属及其诉讼代理人、被不起诉人以及被不起诉人的所在单位。送达时，应当告知被害人或者其近亲属及其诉讼代理人，如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，也可以不经申诉，直接向人民法院起诉；告知依照刑事诉讼法第一百四十二条第二款规定被不起诉的人，如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后七日以内向人民检察院申诉。被害人对人民检察院作出的不起诉决定不服的，可以自收到决定书后七日以内向作出不起诉决定的人民检察院的上一级人民检察院申诉，上一级人民检察院控告申诉部门应当立案复查。被害人向作出不起诉决定的人民检察院提出申诉的，作出决定的人民检察院应当将申诉材料连同案卷一并报送上一级人民检察院受理。上一级人民检察院对被害人不服不起诉决定的申诉进行复查后，应当在三个月内作出复查决定，案情复杂的，最长不得超过六个月。控告申诉部门应当提出复查意见，报请检察长作出复查决定。复查决定书应当送达被害人和作出不起诉决定的人民检察院。上级人民检察院经复查作出起诉决定的，应当撤销下级人民检察院的不起诉决定，交由下级人民检察院提起公诉，并将复查决定抄送移送审查起诉的公安机关。出庭支持公诉由审查起诉部门办理。（2）被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件可以依法直接向法院提起自诉。