软件著作权保护的是形式，软件专利保护的是方法。方法相同，代码不同，属于不同的软件著作，不再保护；方法相同，代码不同，属于相同的专利，依然保护。因此，可根据保护力度目的来选择。

无论是软件著作还是软件专利，可委托代理公司申请。从行业的情况来看，选择代理公司，不如选择合适的代理人。其实，选择代理公司，本质上就是选择经办人。

但需要注意的是，某些所谓的优秀、著名的代理公司，负责申请案撰写的是入行不久的新手，而挂名的代理人并不真正从事这些工作的。可通过如下方法解决：当选择与优秀、著名的代理公司合作时，可以指定某些代理人作为经办人。

非常重要一点是，无论是有名的大型代理公司还是实力派小型代理公司，代理公司是否熟悉你所在的技术领域，代理人是否理解并准确把握你的技术核心。因为不同的技术领域之间的差异是很大的，因此最好选择熟悉和擅长你所在技术领域的代理公司和代理人。

如果能委托有丰富研发经历的经办人是最理想的。由于委托有研发经历的代理人完成，可更好地深入地理解委托人的技术内容，才能将防御性权利要求或进攻性权利要求等方面的申请策略撰写在权利要求书中，使该专利的独立权利要求权项难以被攻破，具有坚固的稳定性与最宽的保护范围。撰写专利的权利要求时还要考虑发明人所在行业产业的布局、未来发生诉讼的举证证据赔偿等因素，才能恰当其份地引导技术人员完成相应技术路线的规避设计，这些工作对于仅有法务知识而没有足够的研发经验的代理人根本难以做到。

所以，客观地说，选择代理公司，本质上就是选择撰写专利的经办人。找到价格适中的代理公司、专业度高的经办人，性价比、授权率就非常高。