会被扣除。如果在办理助学贷款前就已经交了相关费用，那助学贷款办下来后，支付宝系统可能还是会直接划拨至学校指定账户，自动再缴纳一次学费。对此，借款学生可以联系学校财务处，让学校退款回交学费的银行卡里就行了。

助学贷款还款注意事项

1、申请贷款的同学必须出示书面申请书，并要求附有县级以上民政局盖章和证明。申请书要求详细写明家庭情况，表明个人的还款意识，同时注明详细住址，父母工作单位，联系电话和邮政编码。

2、大一新生所申请的贷款要次年才能发放到学校财务室，因此，第一年的学费需要自己缴清，以后每年到学校财务室作结算。银行所赠农卡以个人身份证开户，学生平时可用于存款和取款，学生毕业后通过农卡归还欠款。

3、每位同学每年申请的贷款金额最高不能超过8000元，贷款期限不超过8年，学生在校期间所有贷款免收利息，学生毕业后银行会按银行利率收取利息。

《中华人民共和国民法典》

第六百六十七条借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。

第六百六十八条借款合同应当采用书面形式，但是自然人之间借款另有约定的除外。

借款合同的内容一般包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。

第六百六十九条订立借款合同，借款人应当按照贷款人的要求提供与借款有关的业务活动和财务状况的真实情况。