代理公司代理计算机软件著作权登记的，应该向版权局申请，并且提交委托书、申请材料。

相关法律规定

《作品自愿登记试行办法》

第七条作者或其他享有著作权的公民的所属辖区，原则上以其身份证上住处所在地的所属辖区为准。合作作者及有多个著作权人情况的，以受托登记者所属辖区为准。法人或者非法人单位所属辖区以其营业场所所在地所属辖区为准。

第八条作者或其他著作权人申请作品登记应出示身份证明和提供表明作品权利归属的证明(如封面及版权页的复印件、部分手搞的复印件及照片、样本等)，填写作品登记表，并交纳登记费。其他著作权人申请作品登记还应出示表明著作权人身份的证明(如继承人应出示继承人身份证明；委托作品的委托人应出示委托合同)。专有权所有人应出示证明其享有专有权的合同。