在人类基因组DNA中，对任何一种限制性内切酶都有许多酶切点，它们对同一个体来说切点位置、数目、识别序列不尽相同;就是同一种酶，不同的个体中，其酶切点位置和数目也不相同，即使同一种酶、相同的个体，其杂交探针序列不同，也会产生不同个体的差异。

由于人体约有30亿个碱基对构成整个染色体系统，而且在生殖细胞形成前的互换和组合是随机的，所以世界上没有任何两个人具有完全相同的30亿个核苷酸的组成序列，这就是人的遗传多态性。尽管遗传多态性的存在，但每一个人的染色体必然也只能来自其父母，这就是DNA亲子鉴定的理论基础。