国有企业代持非国有企业或自然人股权是否合法要看具体情况。

实践中如果设定股权代持的目的在于以合法形式掩盖非法目的或规避法律行政法规的强制性规定，比如外资为规避市场准入而实施的股权代持、以股权代持形式实施的变相贿赂等，该等股权代持协议最终可能被认定无效。

股权代持相比直接持股，最大的特点是具有隐蔽性。这也给不想公开身份的实际出资人带来很大的便利。换言之，如果不是怀着不可示人的目的，一般也不会利用股权代持。

综上所述，只有在排除《民法典》无效合同规定的行为之外时国有企业代持非国有企业或自然人股权才合法，但由于一般股权代持都出于非法目的，所以这类行为往往是不合法的。