在刑事诉讼中，被告人当庭翻供的，会引发如下两种结果：

1.不再认定为自首、坦白等法定从轻处罚的事由。

2.共同犯罪中部分被告人不认罪的，审理程序将有简易程序更改为普通程序。

如果法院认为被告人翻供是有串供等嫌疑的，法院可能决定将正在取保候审的被告人逮捕，变更强制措施。

被告人在法庭上翻供，不一定会影响审判的结果，如果侦查机关的证据已经非常完善，被告人翻供只会为自己带来不利——丧失了“认罪态度良好“这一酌定从轻的事由。可以说在刑事案件中，如果证据过硬或者被告人在侦查过程中一直有供述而在法庭突然翻供的，法院不会理会和采信。

如果被告人的供词是该案的关键证据，而被告人翻供的，法院会要求公安机关补充侦查，待补充侦查完毕后再开庭审理。

通常，司法人员不希望被告人当庭翻供。侦查人员怕被告人翻供引出麻烦，案子“翻车”，如果有违法取证行为还可能被追究责任。公诉人怕被告人翻供被法庭采信而承担审查不严的责任。法官怕被告人翻供使案件复杂化，增加庭审难度。特别是那些重大、敏感而且经过“协调”的案件，虽然没有成文的结论性决定，不是最后定案，而且还强调各机关依法处理，但协调意见的倾向性，有职业经验的法官是完全心领神会的，于是在法官面前就出现了法律和“意见”二元标准，法律必须执行，“意见”也要照办，当二者发生冲突时，法官就陷入了困境。还有，凡是被告人当庭翻供的案件，大概很难“案结事了”，如果翻供被法庭否定，定罪判刑，被告人不服。如果翻供被法庭采信，无罪开释，被害人一方不甘，申诉、上访是免不了的，一旦上访，成了不稳定因素，那麻烦就大了。

司法人员怕被告人翻供，还有制度上的因素，我国刑诉法把被告人供述作为证据之一，让被告人证明自己有罪。法律没有规定被告人有沉默权，法律也没有规定作为判决依据的被告人供述必须是经过控辩双方质证的被告人当庭陈述。在司法实践中，司法人员中或多或少存在“口供偏好”，靠口供“突破”案件，没有口供，心里总是不踏实。殊不知，口供既能为定案提供依据，也可能成为错判的陷阱。