(一)鉴定的启动中存在的问题

目前，医疗事故鉴定有两种启动方式：第一种是由医患双方共同协商委托启动鉴定程序；第二种是卫生行政部门强制启动鉴定程序。这两种启动方式在实际运行过程中，存在不少的问题：

1、医患双方矛盾对立严重，严重影响共同委托启动权的行使

当发生医疗纠纷时，医患双方情绪比较激动，矛盾处于严重对立的状态，很难安静的坐下来协商共同委托的事项，尤其是目前患方对医疗鉴定机构的不信任，更使得协商共同委托鉴定成为十分困难的事情。

2、再次鉴定启动权的规定不完善

根据现行的法规规定，在以下两种情形下可以启动再次鉴定：

(1)一方当事人不服首次鉴定的，可以向卫生行政部门申请提出再次鉴定；

(2)由当事人双方协商共同委托进行再次鉴定。

3、申请中华医学会组织鉴定的可操作性差

必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。必要时，对疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议，省级卫生行政部门可以商情中华医学会组织医疗事故技术鉴定。根据以上规定，只有在“必要”时才能够启动中华医学会的鉴定，但是认定“必要”的主体是谁，“必要”的内涵如何界定，《医疗事故处理条例》和《医疗事故暂行办法》均未作出规定。一方面，根据《医疗事故处理条例》和《医疗事故暂行办法》的规定，只有省级卫生行政部门才能够商情中华医学会进行鉴定，对于医疗事故争议，这种关系当事人权利的重大事项，竟然没有规定当事人有此项权利。另一方面，商请是适应用于首次鉴定、再次鉴定还是重新鉴定不甚明确，对于“疑难、复杂并在全国有重大影响的事项”的标准是什么，也未作出相关规定。

(二)鉴定中证据材料的收集及真实性问题

证据材料的真实、完整是鉴定能够顺利进行的前提和保证。根据《医疗事故处理条例》和《医疗事故暂行办法》的规定，目前用于鉴定过程中使用的证据材料主要包括：“主客观病历资料、检查单、影像学检查资料，医患双方的陈述和答辩等。”这些材料的收集和质询对于鉴定起着至关重要的作用。虽然《医疗事故处理条例》和《医疗事故暂行办法》对证据材料的收集和质询做出了一些规定，但是仍旧不能解决实际中存在的相关问题，主要在于以下几个方面：

2、未规定双方当事人对证据材料的真实性进行互相确认

现行的相关规定均未对证据材料的真实性进行互相确认做出规定，对双方提供的证据材料在鉴定之前进行互相确认以便认定其真伪是必需和必要的。根据我国相关卫生行政管理法规的规定：住院病历在患者出院后由设置的专门部门或者专(兼)职人员负责集中，统一保存与管理。

3、证据材料的审查过程影响专家组成员的确定

专家鉴定组成员确定后，在双方当事人共同在场的情况下，由医学会对封存的病历资料启封。医学会在确认专家组的组成时，必须要了解患者的疾病的诊断和治疗情况，方能根据《医疗事故处理条例》的规定确认医疗事故争议涉及的学科专业，依据学科专业确认专家组成员。但是这些情况只有在拿到患者的病历材料后方能确认，但《医疗事故处理条例》却规定专家组成员的确认在启封病历材料之前。由此可见，何时启封病历材料是一个十分值得商榷的问题。