一、检察院存疑不起诉赔偿怎么认定?

根据最高法的规定：对于经检察机关作出存疑不起诉的决定的，应视为对案件作出的无罪的决定，按照法律规定，应予赔偿。如果经过检察机关作出存疑不起诉的决定，被不起诉人已经获得国家赔偿的，但后来检察机关又发现新证据可以起诉，并且经法院认定为有罪，人民法院赔偿委员会应该撤销原决定，要求被不起诉人返还赔偿金。存疑不起诉是人民检察院在审核相应的证据后，发现证据不足，可以退回侦查机关补充侦查，对于经过补充侦查的案件，检察机关仍然认为证据不足的，可以以案件存有疑点不予起诉。

二、存疑不起诉的条件

(1)案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。

(2)证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。

二、法律依据

根据最高人民检察院《规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;

(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;

(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;

(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。

检察院对存疑不起诉案件的认定应当符合我国法律的相关规定，在司法实践中，对于存疑不起诉案件的认定首先要对是否符合存疑不起诉的条件进行认定，但检察机关有权在后期继续进行立案侦查，如果发现了新的犯罪事实，则还可以继续追究相关责任。