检察院存疑不起诉是无罪的，存疑不起诉又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定，所以是无罪的，根据《人民检察院刑事诉讼规则》规定，人民检察院根据《刑事诉讼法》第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。

一、不起诉的具体情况

1、不起诉，是指人民检察院对于公安机关侦查终结移送起诉的案件和自行侦查终结的案件，经审查认为犯罪嫌疑人具有法定不追究刑事责任的情形，或者犯罪情节轻微依法不追究刑事责任，以及证据不足不符合起诉条件，作出不将犯罪嫌疑人交付人民法院审判的一种处理决定。

2、刑事不起诉是检察机关公诉职能的一项重要内容，检察机关通过公安机关侦查终结移送起诉的案件和自行侦查终结的案件审查后，认为犯罪嫌疑人的行为依法不应追究刑事责任，或者其犯罪情节轻微，依照刑法不需要判处刑罚或者免除刑罚，以及对于补充侦查的案件，认为证据不足，不符合起诉条件，从而不将犯罪嫌疑人诉交法院审判的处理决定。

3、不起诉是人民检察院对侦查终结的刑事案件，确认符合法律规定终止刑事诉讼的条件而作出不将被告人交付审判机关的决定，就此终结刑事诉讼的一项诉讼的活动。

4、不起诉是人民检察院在审查起诉后，作出的不将案件移送到人民法院而终止诉讼的决定。不起诉决定具有终止诉讼的效力。

5、不起诉是指检察机关对侦查终结的刑事案件审查后，确认依法应当不追究刑事责任，或可以免除刑罚不将被告人交付审判机关而自行终止刑事诉讼的一项诉讼活动。

6、不起诉是人民检察院通过审查起诉，认为案件缺乏诉讼条件或者处罚条件，或者认为没有起诉的必要，而依法作出的终止诉讼的司法处分。