业务专用章能盖合同。合同上盖业务专用章并不影响合同的效力。只要双方当事人是意思表示达成一致而签订的协议，且双方当事人具有相应的行为能力，且协议内容没有违反法律法规及社会公序良俗的，该合同就是有效的。

一、合同的法律效力如何认定

合同只要满足以下三个条件的，就是有效的合同：

1、该合同是经过双方当事人平等真实的意思表示达成一致后所签订的；

2、该合同的双方当事人均具有相应的民事行为能力；

3、该合同本身没有违反法律规定和社会公序良俗。

根据《民法典》第一百四十三条的规定，具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

二、未进行登记确认不动产物权合同有效吗

未办理登记前订立的不动产物权合同符合法定有效条件的就是有效的，未办理物权登记的，不影响合同效力。法定有效条件有：当事人必须是具有相应的民事行为能力人；合同是真实的意思表示；合同的内容不得违反法律法规或公序良俗；法律规定的其他有效条件等。

三、补偿协议有法律效力吗?

补偿协议具备合同生效要件的具有法律约束力。如果该协议的当事人具有订立合同的主体资格，即具有完全民事行为能力，该协议内容为双方协商一致且出于真实意思表示，该协议没有违反法律法规或者公序良俗，恶意串通等情形，协议有效。