部长级会议是世贸组织的最高决策权力机构，由所有成员国主管外经贸的部长、副部长级官员或其全权代表组成，一般两年举行一次会议，讨论和决定涉及世贸组织职能的所有重要问题，并采取行动。

第一次会议于1996年12月在新加坡召开，第二次会议于1998年在瑞士日内瓦召开，第三次会议于1999年11月在美国西雅图召开，第四次会议于2001年11月在卡塔尔首都多哈召开，第五次会议于2003年9月在墨西哥坎昆召开，第六次会议于2005年12月在中国香港召开。

部长级会议的主要职能是：任命世贸组织总干事并制定有关规则;确定总干事的权力、职责、任职条件和任期以及秘书处工作人员的职责及任职条件;对世贸组织协定和多边贸易协定做出解释;豁免某成员对世贸组织协定和其它多边贸易协定所承担的义务;审议其成员对世贸组织协定或多边贸易协定提出修改的动议;决定是否接纳申请加入世贸组织的国家或地区为世贸组织成员;决定世贸组织协定及多边贸易协定生效的日期等。下设总理事会和秘书处，负责世贸组织日常会议和工作。世贸组织成员资格有创始成员和新加入成员之分，创始成员必须是关贸总协定的缔约方，新成员必须由其决策机构——部长会议以三分之二多数票通过方可加入。

总理事会：在部长级会议休会期间，其职能由总理事会行使，总理事会也由全体成员组成。总理事会可视情况需要随时开会，自行拟订议事规则及议程。同时，总理事会还必须履行其解决贸易争端和审议各成员贸易政策的职责。

总理事会下设货物贸易理事会;服务贸易理事会;知识产权理事会。这些理事会可视情况自行拟订议事规则，经总理事会批准后执行。所有成员均可参加各理事会。

各专门委员会：部长会议下设立专门委员会，以处理特定的贸易及其他有关事宜。已设立贸易与发展委员会;国际收支限制委员会;预算、财务与行政委员会;贸易与环境委员会等10多个专门委员会。

秘书处与总干事：由部长级会议任命的总干事领导的世界贸易组织秘书处(下称秘书处)，设在瑞士日内瓦，大约有500人。秘书处工作人员由总干事指派，并按部长会议通过的规则决定他们的职责和服务条件。部长会议明确了总干事的权力、职责、服务条件及任期规则。世贸组织总干事主要有以下职责：他可以最大限度地向各成员施加影响，要求它们遵守世贸组织规则;总干事要考虑和预见世贸组织的最佳发展方针;帮助各成员解决它们之间所发生的争议;负责秘书处的工作，管理预算和所有成员有关的行政事务;主持协商和非正式谈判，避免争议。

截至1999年5月，世贸组织共有30多个理事会和常设委员会。