医疗纠纷卫生行政部门处理程序如下：

1、以书面形式申请卫生行政部门处理；

2、卫生行政部门应当在收到申请后十日内进行审查，决定是否受理；

3、受理的，必要时可以进行医疗技术鉴定；

4、根据鉴定结果，作出行政处理决定，进行赔偿调解。

根据《医疗事故处理条例》规定，发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请。申请书应当载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起一年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。

医疗纠纷如何处理

根据《医疗事故处理条例》第四十六条规定，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决即和解，不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。由此可见，在我国，发生医疗纠纷有三种解决方式，即和解、调解和诉讼。

《医疗事故处理条例》第三十七条发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请。申请书应当载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。

当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起１年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。