工程预付款应在工程开工后完成工程量达一定比例时在支付工程进度款时扣回或折抵进度款。折回或折抵的方式与比例应在合同中明确约定，如约定：在完成年工程量总造价xx％（以发包方代表签字确认的工程量报告为准）后的每月里，按每月工程进度款的xx％扣回。在完成年工程量的xx％扣完。

工程预付款支付的时间一般不迟于约定的开工日期前7天。为了能让工程预付款全部用于工程中而不被挪作他用，防止承包方收到工程预付款后不能按时进场施工，发包方可以在合同中约定由发包方对工程预付款的使用情况进行监督的办法。比如，规定特定的查帐方式或要求承包方提供购买材料的合同和发票等。另外如果支付的工程预付款数额较大，双方还可以协商约定承包方接受工程预付款的同时向发包方提供银行保函。当然，承包方也可以向业主要求出具支付保函。

工程预付款的支付流程是怎样的

工程预付款的支付流程分为分段结算，竣工后一次结算，按月结算等。：1、分段结算，对于当年开工但当年不能竣工的项目，按照其工程形象进度划分不同阶段进行结算；2、竣工后一次结算，规模较小的项目，竣工后一次结算的方式；3、按月结算，即每个月结算一次；4、双方约定的其他的结算方式。施工单位提交预付款《工程款支付申请表》给预算专员，需要施工单位项目经理签字确认，预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署预付款《工程款支付申请表》然后交给财务部；财务部进行复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审核审批通过的《工程款支付申请表》出纳安排付款。