合作建房合同纠纷中双方投入的认定与计算为：合作建房的，双方应按合同约定的各自投资额进行投入，当合作项目的实际投入低于合同总额时，应按双方合同约定的投入额计算出双方的应投入比例，并据此计算出双方的实际应投资额。

根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第四百六十四条规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。

婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。

合作建房合同纠纷的处理

1、当事人请求分配需经有批准权的人民政府主管部门批准而未经批准、未取得建设工程规划许可证或擅自变更建设工程规划的房地产项目利益的，人民法院不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉。

2、利用宅基地合作建房合同被确认无效后，房屋归宅基地两证一书的申办人所有；同时，由宅基地两证一书申办人将投资款及利息返还出资人。

3、超出规划建筑面积的房产，补办批准手续后合作双方对该部分房产的分配协商不成的，一方当事人请求按合作合同约定的利润分配比例分割的，应予支持；对该部分房产增加的投资额的承担比例，协商不成的，应按约定的投资比例或利润分配比例承担。

4、当事人违反规划开发建设的房屋，被有关行政管理部门认定为违法建筑并责令拆除的，合同当事人对损失的承担比例协商不成的，应按双方过错大小、投资比例或利润分配比例确定。

5、合作建房合同约定仅以投资数额确定利润分配比例，一方当事人未按合同约定的比例出资，请求按合同约定的比例分配利润的，不予支持，双方利润按实际投资比例分配。

《中华人民共和国民法典》第四百六十四条

合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。

婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。