保护小股东权益的的方法如下：

1、完善股东的知情权，对董事、监事的质询权，强制控股股东披露其与公司的关联交易的相关信息，使小股东能对其进行监督。

2、强化董事的义务与责任，规定董事不履行义务的救济措施，董事执行职务过程中故意、重大过失损害小股东权益应对小股东承担赔偿责任。

3、强化经理等高级管理人员的义务和责任，规定经理不履行维护小股东权益义务的救济措施。

一、股东应通过哪些方式维护自身利益？

股东应通过以下方式维护自身利益：

1、通过小股东的知情权提起诉讼。股东有权了解公司的经营状况、财务状况等信息。如遇障碍，可在法定程序后向法院提起知情权诉讼；

2、股东衍生诉讼。公司合法权益受到他人侵害时，符合法定条件的股东以自己的名义对侵权人提起诉讼，追究其法律责任，间接保护其合法权益；

3、股东有权要求股利分配。当公司有可供分配的盈余时，控股股东因各种原因拒绝分配盈余或过度提取任何公积金，损害股利分配权；

4、小股东行使退股权；

5、符合条件的，请求解散公司，维护自身利益。

二、如何实现股东的知情权

《公司法》规定只要是公司股东均可要求查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告及查阅公司会计账簿，没有对股东行使知情权的股权比例做出限制，其立法本意是保护小股东的合法权益，只要股东行使知情权时无以下情形即可：

1、股东自营或者为他人经营与公司主营业务有实质性竞争关系业务的，但公司章程另有规定或者全体股东另有约定的除外；

2、股东为了向他人通报有关信息查阅公司会计账簿，可能损害公司合法利益的；

3、股东在向公司提出查阅请求之日前的三年内，曾通过查阅公司会计账簿，向他人通报有关信息损害公司合法利益的；

4、股东有不正当目的的其他情形。