公司转让股权过程中，被投资企业、扣缴义务人和纳税人应按照规定期限向主管税务机关报送相关资料和办理扣缴(纳税)申报。

根据《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》第四条规定:税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。

对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。

对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。