首先看员工是否知道或者应该知道，如果员工不知道或者正常状态下推断为不知道，则无论单位从事什么犯罪，只会处罚负责人或相关参与者的责任和公司的责任，对员工最多进行行政上的处罚。其次，如果员工明知而参与或帮助公司从事非法经营活动，则属于非法经营罪的主体，具体要看在非法经营中发挥多大的作用，一般员工只能以从犯论处，五年以下有期。

《中华人民共和国刑法》第二百二十五条【非法经营罪】违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：

（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；

（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；

（三）未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；

（四）其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。

一、以诈骗罪为例

诈骗罪是一种故意犯罪，如果员工确实不知情，则没有违法或者犯罪的故意，自然不会构成诈骗罪的共犯。但是任何知道案情的公民都有作证的义务，员工到时候还是需要配合有关部门调查、取证的。

诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。

公司若有合同诈骗的行为，如果属于单位犯罪的话，需要对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚，如果员工确实不知情，没有参与诈骗犯罪的话，是不用被刑事处罚的。

二、公司犯罪怎么处罚

1、公司犯罪，一般只会追究主要责任者和直接责任人。一般员工是不追责的。

2、追究犯罪不是因为辞职与否来界定。主要是要考量员工在职期间所做的行为是否符合公司犯罪中药追究主要责任者或者直接责任者的构成要件。