专利转让合同纠纷应作以下处理：

1、优先采取进行协商的方式处理：

2、当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；

3、依法向人民法院起诉的，必须符合法律规定的条件。

一、解决合同纠纷的方法有很多吗

解决合同纠纷的方法有很多。主要有以下四种：

1、在友好的基础上，合同当事人通过相互协商解决纠纷是最好的方式；

2、如果合同当事人不能达成协议，可以要求有关机构进行调解。如果一方或双方是国有企业，可以要求上级机关进行调解。上级机关应当在平等的基础上分清是非调解，不得进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法院等进行调解；

3、合同当事人协商不成、不愿调解的，可以根据合同规定的仲裁条款或者双方在纠纷发生后达成的仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁；

4、合同中未订立仲裁条款，事后未达成仲裁协议的，合同当事人可以向法院起诉合同纠纷，寻求司法解决。

二、发生合同纠纷怎么办,如何处理合同纠纷

发生合同纠纷当事人可以协商，合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。具体处理方式如下：

1.调解。合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解，当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。

2.仲裁。合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。

3.诉讼。如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。

三、土地合同纠纷怎样办

发生土地合同纠纷的处理方式有：

1、双方当事人可在友好的基础上进行协商；

2、当事人可请求第三方进行调解；

3、可以根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；

4、也可以向人民法院起诉。