农业养殖用地申请流程：

1、计划养殖者需持设施农用地建设方案及用地协议向所在地乡镇政府提出用地申请。

2、乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定对经营者提交的资料进行审查，符合要求的，由乡镇政府牵头，会同区国土、农业、畜牧、环保等部门及计划养殖者对项目用地进行现场踏勘。畜牧部门具体审核畜禽养殖场规模布局及畜禽种类是否符合畜牧规划要求。符合规定要求的，由乡镇政府报区政府审批。

3、经区政府批准后，计划养殖者方可建设生产设施用地，而后经国土部门会同相关部门初验符合设计要求的，国土部门向经营者颁发设施农用地备案通知书，计划养殖者方准建设附属设施用地。

《中华人民共和国土地管理法》第二十五条：经批准的土地利用总体规划的修改，须经原批准机关批准；未经批准，不得改变土地利用总体规划确定的土地用途。经国务院批准的大型能源、交通、水利等基础设施建设用地，需要改变土地利用总体规划的，根据国务院的批准文件修改土地利用总体规划。经省、自治区、直辖市人民政府批准的能源、交通、水利等基础设施建设用地，需要改变土地利用总体规划的，属于省级人民政府土地利用总体规划批准权限内的，根据省级人民政府的批准文件修改土地利用总体规划。