1、人民法院在审理医疗纠纷案件，如何适用《医疗事故处理条例》将是一个令人关注的问题。鉴于《条例》本身仅属于行政法规性质，但该《条例》中又有大量有关民事基本权利的规定，如赔偿项目及计算标准等，而这些规定与以往的一些法律规定存在着不一致之处，因此如何解决这些问题将是法官们面临的主要任务。

2、《条例》规定，不构成医疗事故，医疗机构不承担赔偿责任。但是，由于《条例》中医疗事故概念外延的不周全，没有包括医疗机构及其医务人员因医疗过失给患者造成的所有人身损害情形，因此该规定能否得到司法机关的认可还有待实践的检验。

3、其他问题，如医学会鉴定的公正性、司法机关能否委托医学会进行鉴定，鉴定的程序和规则如何确定，司法机关如何认定双方协商达成的和解协议书的法律效力等等问题，均有待在实践中加以解决。