申请劳动仲裁，劳动机关会保存相关的档案。所谓的案底，是司法机关处罚的档案，不包括劳动机关的仲裁档案。不会留下案底。

案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录。又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。

申请劳动仲裁是发生纠纷之后才会申请的，而案底是在刑事案件的时候，犯罪才会有的，所以劳动仲裁，申请之后不会产生案底，因为没有构成犯罪。

因此，律师建议当用人单位侵犯劳动者合法权益时，劳动者应当积极应对，通过法律途径保护自身的合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十六条

犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。

一、劳动争议仲裁申请材料

1、申请书。申请书一式三份，递交仲裁委两份，申请人留存一份。被申请人为共同当事人时，申请书一式四份，递交仲裁委三份，申请人留存一份。申请书用蓝黑或者黑色钢笔或签字笔书写，均须本人签名并落有申请日期。申请书除应写明劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位、住所、联系电话及用人单位的名称、住所、法定代表人或负责人的姓名、职务、联系电话等当事人的基本情况外，还应当有明确、具体的申请请求及申请所依据的事实和理由。

2、身份证明。申请人是劳动者的，应携带本人身份证明并提交复印件。有委托代理人的，还应提交授权委托书及委托代理人身份证明等；申请人是用人单位的，应携带单位营业执照副本，并提交复印件。以及本单位法定代表人身份证明、授权委托书、委托代理人身份证明等。

3、劳动关系证明。如劳动合同、解除或终止劳动合同证明、工资发放情况证明、社会保险缴费证明、工作证、出入证等材料及相应复印件。

4、被申请人身份证明。申请人在申请劳动仲裁时，仲裁委根据立案审查的需要，要求申请人提交能够证明被申请人身份的有关材料的，申请人应尽可能提交。如果被申请人是用人单位的，应当提供其工商注册登记相关情况的证明，包括单位名称、法定代表人、住所地、身份证复印件、经营地等。如果被申请人是劳动者的，应当提交其本人户口所在地地址、现居住地地址、联系电话等。

5、送达地址确认书。申请人在递交申请书时应填写《送达地址确认书》，写明自己接收仲裁文书的详细地址、邮政编码和联系电话等内容。

二、劳动仲裁费收取原则

1、低廉原则。此原则是指劳动仲裁费用较一般诉讼费用更低廉的原则。事实上，仲裁费的实际收费确实比法院的要低。

2、预交原则。此原则是指仲裁费用应在仲裁立案时由申诉人一方预交的原则。

3、败诉方或无益方承担仲裁费用的原则。此原则是指劳动仲裁费用由劳动败诉方或无益的仲裁行为者承担仲裁费用。

4、比例承担原则。此原则适用于仲裁结果中无显明胜诉方的案例，也就是说，部分败诉承担部分仲裁费用。以仲裁调解结案的案件按双方协商的比例承担仲裁费用。仲裁费用的收费标准和办法由国务院劳动行政主管部门会同财政、物价主管部门具体规定。