交通肇事逃逸自首保险公司会赔偿。在交通事故中的逃逸行为并不属于交强险免责条款中的一项，根据我国民法典规定，驾驶人发生交通事故后逃逸，该机动车参加强制保险的，由保险人在机动车强制保险责任限额范围内予以赔偿。

一、肇事逃逸找不到赔偿

驾驶人发生交通事故后逃逸，车辆参加强制保险的，由保险人在机动车强制保险责任限额范围内予以赔偿；机动车不明或机动车未参加强制保险或者抢救费用超过机动车强制保险责任限额，由道路交通事故社会救助基金垫付。道路交通事故社会救助基金垫付后，其管理机构有权向交通事故责任人追偿。

二、交通事故无法认定责任该怎么办?

若对交通事故中的各方无法认定责任的，一般应当按照机动车承担责任的标准要求其承担赔偿责任。根据我国《民法典》的规定，机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿。

三、肇事逃逸怎么赔偿

机动车驾驶人发生交通事故后逃逸，该机动车参加强制保险的，由保险公司在机动车强制保险责任限额范围内予以赔偿。

机动车不明或者该机动车未参加强制保险，需要支付被侵权人人身伤亡的抢救、丧葬等费用的，由道路交通事故社会救助基金垫付。道路交通事故社会救助基金垫付后，其管理机构有权向交通事故责任人追偿。