关税不能抵扣。进口关税应当计入进口材料成本，不能抵扣，进口增值税可以抵扣进口货物海关代征的关税也是不能抵扣的，只能抵扣进口环节缴纳的增值税。借：原材料（购价+关税）借：应交税费-应交增值税-进项税额贷：银行存款（关税+增值税）贷：银行存款-外币（购价）。

根据《关于加强进口环节增值税专用缴款书抵扣税款管理的通知》（国税发〔1996〕32号）的规定，（一）对海关代征进口环节增值税开据的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称，即既有代理进口单位名称，又有委托进口单位名称的，只准予其中取得专用缴款书原件的一个单位抵扣税款。（二）申报抵扣税款的委托进口单位，必须提供相应的海关代征增值税专用缴款书原件，委托代理合同及付款凭证，否则，不予抵扣进项税款。

根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）的规定，实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。因此，您企业应按上述要求抵扣海关进口增值税专用缴款书。

关税是不能抵扣，只有海关的代征增值税发票可以抵扣；是否能抵扣，还要看你这个税单是否双抬头，即税票上是否有你们公司的名称，一般代理进口的税票，都可以打双抬头的，方便委托人抵扣，请核对；抵扣程序跟其他增值税票一致，无需事先到税务局登记。