农村自建厂房确权如下：填写申请表，村委会同意后填写《宅基用地呈批书》，签署意见签字盖章交由乡镇政府审核；乡镇政府现场勘测，审查合格上报县国土资源局；县国土资源局资料审核通过后报县政府审批，张榜公示7日无异议给予发证。

《不动产登记暂行条例》第四条国家实行不动产统一登记制度。不动产登记遵循严格管理、稳定连续、方便群众的原则。不动产权利人已经依法享有的不动产权利，不因登记机构和登记程序的改变而受到影响。《土地管理法》第十二条土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。《城市房地产管理法》第六十条国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。