一、起诉合同逾期付款违约金起算时间的诉讼时效是多久？

是从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。根据《民法典》（于2021年1月1日实施）第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

二、逾期付款违约金起止期限应如何计算?

逾期付款违约金应计算至判决生效之日止。人民法院一旦对当事人的争议作出生效裁决，当事人之间的纷争及逾期付款的违约责任是否承担、如何承担由此确定，当事人应当按照人民法院判决的要求履行义务，包括赔付违约金。此时债务人向债权人承担的不再是违约责任，而是履行生效法律文书确定的给付义务的责任。债务人不履行债务的行为已不再是违约的行为，而是不履行生效法律文书的行为，其应承担的不再是违约责任，而是法定的迟延履行责任，其承担责任的方式不再是赔付违约金，而是按《中华人民共和国民事诉讼法》(以下简称民诉法)第二百三十二条所规定的加倍支付迟延履行期间的债务利息或支付迟延履行金。

(民诉法第二百三十二条：“被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行其他义务的，应当支付迟延履行金。”)至于一些判决书中给当事人指定的履行期，期间一般很短，属于提示、敦促当事人履行生效法律文书的宽限期，这段时间利益应归于义务人，不应计算违约金。