对于涉及员工劳动仲裁赔偿金的款项进账处理，具体操作应按照具体情况而定，可以选择性地将其归类为“营业外支出”或者借记“管理费用”科目。

同时，在进行个人所得税以及企业所得税的处理过程中，也需要充分考虑到相关因素。最终的选择应当依据公司的财务政策来做出决策。

《中华人民共和国税收征收管理法》第二十条

从事生产、经营的纳税人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件，应当报送税务机关备案。

纳税人、扣缴义务人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法与国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定抵触的，依照国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定计算应纳税款、代扣代缴和代收代缴税款。