《行政处罚法》中的违法所得的认定方式为：违法生产商品的违法所得按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算；违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算等。

新修订的行政处罚法的区别

原《行政处罚法》只对立法目的和立法宗旨作出规定，并未对行政处罚概念和定义作出明确规定。实践中一些行政执法机关对行政处罚的性质和作用没有全面准确理解，在思想认识、实施处罚、履行程序、适用法律、把握处罚尺度等方面出现偏差，有的往往为了处罚而处罚，有的甚至背离了行政处罚的本来目的和功能，成为一些执法机关和个别执法人员罚款牟利的手段。这次新修订的《行政处罚法》第二条明确规定：“行政处罚是指行政机关依法对违反行政管理秩序的公民、法人或者其他组织，以减损权益或者增加义务的方式予以惩戒的行为。”这一规定明确了行政处罚是以减损权益或者增加义务的方式予以惩戒的性质，结合第一条关于“保障和监督行政机关有效实施行政管理，维护公共利益和社会秩序，保护公民、法人或者其他组织的合法权益”的规定，可以较为全面地体现行政处罚的内涵和外延，有利于准确理解行政处罚的功能和作用。

《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》第三条

违法生产商品的违法所得按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算。

第四条

违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算。

第五条

违法提供服务的违法所得按违法提供服务的全部收入扣除该项服务中所使用商品的购进价款计算。