食品经营许可证办理在工商部门办。根据《食品安全法》和国家工商总局的有关规定，工商部门负责《食品流通许可证》的发放，凡从事食品流通经营活动，都应到工商部门申领《食品流通许可证》，不需再到卫生部门办理《食品卫生许可证》。经营者应当填写申请表，向许可证受理窗口提交下列有关材料：经营者本人持身份证到当地工商行政管理部门审查，经工商行政管理。

食品经营许可证注销

食品经营许可证注销的流程如下：

1、申请人登录原发证的食品药品监督管理部门申报端或省级食品经营许可管理系统，填写《食品经营许可注销申请书》并附相关申请材料；

2、申请人向原发证的食品药品监督管理部门提交申请资料，材料齐全、符合法定形式的，予以受理；

3、申请材料存在可以当场更正的错误的，允许申请人当场更正；

4、申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当场或者在五个工作日内一次性告知申请人需要补正的全部内容；

5、符合条件的，依法作出准予许可的书面决定；

6、不符合条件的依法作出不予许可的书面决定，在说明理由的同时，告之申请人享有依法申请行政复议或提起行政诉讼的权利；

7、申请人到原发证的食品药品监督管理部门食品药品监管局窗口领取《准予注销通知书》或不予注销决定书。

法律依据：《食品经营许可管理办法》第三十六条

食品经营者终止食品经营，食品经营许可被撤回、撤销或者食品经营许可证被吊销的，应当在30个工作日内向原发证的食品药品监督管理部门申请办理注销手续。

食品经营者申请注销食品经营许可的，应当向原发证的食品药品监督管理部门提交下列材料：

（一）食品经营许可注销申请书；

（二）食品经营许可证正本、副本；

（三）与注销食品经营许可有关的其他材料。

《中华人民共和国行政许可法》

第十二条下列事项可以设定行政许可：

（一）直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动，需要按照法定条件予以批准的事项；

（二）有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项；

（三）提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项；

（四）直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项；

（五）企业或者其他组织的设立等，需要确定主体资格的事项；

（六）法律、行政法规规定可以设定行政许可的其他事项。

第十三条本法第十二条所列事项，通过下列方式能够予以规范的，可以不设行政许可：

（一）公民、法人或者其他组织能够自主决定的；

（二）市场竞争机制能够有效调节的；

（三）行业组织或者中介机构能够自律管理的；

（四）行政机关采用事后监督等其他行政管理方式能够解决的。